La masa de agua proviene del acuífero de la vega del río, de los aportes que pueden llegar por la escorrentía superficial e incluso, en su tiempo, de los del propio río Tajuña en sus épocas de avenida. Dada su fragilidad estacional, que la hacía desaparecer antaño en las épocas de estiaje, y gracias, en este caso a la actividad humana que ha drenado el terreno para permitir el afloramiento del agua en este espacio semi endorreico con una salida en uno de sus extremos, se ha recuperado el lugar para los humedales, estando protegido desde el año 1991 por la legislación ambiental madrileña.
La propia vega del río es en sí misma de una belleza singular; es aprovechada con fines agrícolas por numerosos campos de cultivo de maíz, ajos, judías, hortalizas y cereales, y está orlada por una sucesión de chopos, fresnos, olmos, tarays y sauces; que junto con los carrizos y juncales, que rodean y se adentran en la propia laguna, constituyen la vegetación dominante en la zona y que hacen, en ocasiones, invisible al agua, incluso desde la misma orilla. Por eso, es recomendable su observación a una determinada altura sobre sus riberas desde cualquiera de los promontorios próximos.
El valor ecológico de la Laguna de San Juan, viene determinado por ser un espacio ideal para el descanso y la nidificación de aves acuáticas, tanto de paso como autóctonas, de las que merece destacarse entre otras a la cigüeñuela, la garza real, la focha común y distintas clases de ánades.
Es posible la observación de rapaces, como el aguilucho lagunero, los halcones peregrinos, o el alimoche. No pueden olvidarse tampoco las aves de praderas cerealistas como la majestuosa avutarda aventurada en espacios ajenos desde las estepas próximas; los alcaravanes, estorninos…, asociados al arbolado del lugar.
Los peces se desarrollan en la charca al parecer sin aparentes limitaciones, siendo típicos de ella el barbo y la carpa, mientras que en las riberas son frecuentes los anfibios como las ranas, los sapos; los reptiles y los numerosos quelonios. E íntimamente ligados a ella, también son comunes los mamíferos del tipo de los jabalíes, los zorros, … .
Los cantiles arcillo-yesíferos con cortados verticales que limitan la vega del Tajuña y la Laguna de San Juan constituyen el asiento perfecto para una fortaleza singular, el castillo de Casasola, que se erige en vigía intemporal de estos campos. Construido por un hidalgo de Castilla, Dº Juan de Contreras, en el siglo XV adaptándose geométricamente a la superficie disponible, de ahí su forma irregular, tenía como objetivo esencial el de constituirse en un dominio señorial en el momento y, más tarde, de indiscutible valor estratégico para la época, lo que supuso no pocas desavenencias con las autoridades locales de Chinchón.El estudio ecológico del entorno de la Laguna de San Juan, junto con el histórico artístico derivado de las localidades más próximas, permite a Siringa la recomendación de una visita de acuerdo siempre con las normas de conservación que tan extraordinario lugar merece.
